Der Name der Gemeinde stammt ursprünglich von der Heiligenfigur Johannes des Täufers, dem auch die hiesige Pfarrkirche geweiht ist. Mit dem grünen Astpfahl wird der Name der Gemeinde bildlich zum Ausdruck gebracht. „Wald“ oder „im Wald“ war früher eine häufige Bezeichnung für unsere Gemeinde, bis sich im 19. Jahrhundert der heutige Gemeindename vollends durchgesetzt hat.

St. Johann im Walde ist eine uralte Siedlung, die schon 1177 urkundlich erwähnt wird (Capella s. Joannis in silvia 1177), während Libnich-Leibnig um 1170, Michelbach gar schon 1165 und der villicus de nemore = Mair im Walde um 1285 urkundlich aufscheinen.
Von der Sonnseite grüßt aus schwindelnder Höhe die hart am Rand eines Abgrundes erbaute, weit ins Tal hinausblickende Kapelle von Oberleibnig. Von ihr wird erzählt, dass die Oberleibniger sie ursprünglich ins Dorf gebaut hätten. Als sie fertig war, holten sie die Heiligenbilder, die an einem Baume aufgehängt waren, wo heute die Kapelle steht. Zweimal verschwanden jedoch die Bilder über Nacht und waren wieder an ihrem alten Platz. Darauf packte die Leibniger der Zorn und sie warfen die Tafel den Kofel hinunter. Dieser heißt heute noch im Volksmund der Heiligenkofel. Für diese Untat sollten die Oberleibniger aber büßen. Zur Strafe musste von nun an immer ein „Krummer“ auf Leibnig sein. Bemerkenswert wäre noch, dass die Wurzeln des Baumes, an dem die Bilder hingen, noch alljährlich in Saft gehen.
Als im Jahre 1809 die Feinde durchs Iseltal zogen, verdeckten die Oberleibniger ihr Kirchlein mit Bäumen, um ihr Dörfchen nicht zu verraten.
Der Freiheitskämpfer Johann Panzl versteckte sich eine Zeitlang im Keller des Falterbauern. Der Oblasserbauer erfolgte mit seinen Knechten die Franzosen bis Unterpeischlach. Die Übermacht aber wurde allmählich zu groß, die Unentwegten wurden eingeschlossen und mussten sich verbergen. Obwohl das Versteck nicht günstig war, wurden die Heimatverteidiger doch nicht entdeckt. Zum Dank für diese ganz auffallende Errettung gelobte der Bauer, jeden Sonntag nach dem Gottesdienst einen Rosenkranz zu beten, was lange Zeit auch treulich eingehalten wurde.
Kaum eine Viertelstunde westlich der Kirche von St. Johann i. W. bildet der Gossenbach die Grenze zwischen den Gerichtsbezirken Lienz und Matrei.

Aus dem Jahre 1177 stammt der älteste Teil der Pfarrkirche, die heutige Taufkapelle (vor der Hochwasserkatastrophe des Jahres 1965 befanden sich hier Hochaltar und Sakristei). 1503 wurde der 43 m hohe Turm erbaut. Um 1600 und 1750 wurde die Kirche nach Westen verlängert. Da im Frühjahr und im Sommer das Grundwasser sehr hoch steigt, errichtete man das Fundament auf Lärchenpfählen. Bei der Hochwasserkatastrophe im September 1965 wurde das Gotteshaus schwer beschädigt.
Der rückwärtige letzte Zubau stürzte ein und musste völlig abgetragen werden. An seiner Statt entstand ein moderner Neubau. Bei der Hochwasserkatastrophe wurde auch der Friedhof mit dem Kriegerdenkmal völlig zerstört. 1968 konnten Kirche und Friedhof neu eingeweiht werden. Bis dahin hatte der Gemeindesaal als Notkirche gedient. Im September 1991 konnte eine neue Leichenhalle eingeweiht werden. Gleichzeitig mit dem Bau der Totenkapelle wurde auch der Kirchenvorplatz neu gestaltet und umfriedet.

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